Sleipnir の設定は

[Windows Vista / 7]

C:\Users\<ユーザー名>\AppData\Roaming\Fenrir & Co\Sleipnir\setting

[Windows 98 / 98SE / Me / 2000 / XP]

<Sleipnir インストールフォルダ>\settings\<ユーザー名>\setting

に保存されています。
大部分は「user.ini」に保存されていますが一部の設定は別のファイルに保存されています。

関連情報：
Sleipnir のお気に入りの保存場所を知りたい